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南京财经大学始建于1956年的粮食部南京粮食学校，是新中国自己创办的第一批粮食院校之一。1981年，南京粮食经济学院在原南京粮食学校的基础上建立。1993年，学校更名为南京经济学院。1999年，南京物资学校并入南京经济学院。2000年，南京经济学院、江苏财经高等专科学校、江苏经济管理干部学院三校合并，组建成新的南京经济学院。2003年，经教育部批准，学校正式更名为南京财经大学。2011年，江苏省人民政府与国家粮食局签约共建南京财经大学。2019年，国家粮食和物资储备局与江苏省人民政府签署战略合作协议，全力支持学校事业发展。2021年，学校获批审核增列且需要加强建设的博士学位授予单位，获批江苏高水平大学建设高峰计划B类建设高校。